Parafia powstała przed 1350 r. i jest trzecią w dziejach parafii świątynią.
Pierwsze wzmianki o kościele i parafii w Nałęczowie – wcześniej „Bochotniczy Maior” – odnotował kronikarz Jan Długosz w Liber beneficiorum dioecesis Cracoviensis, gdzie podkreśla, że Bochotnica jest wsią królewską i ma kościół pw. Jana Ewangelisty. W 1566 r. wnętrze kościoła zostało częściowo zmienione, a w 1593 r. budynek został odbudowany. Nowy kościół pod wezwaniem Jana Chrzciciela został wybudowany z drewna i spłonął podczas pożaru, którego przyczyna nie jest znana. Obecny Kościół Parafialny został wzniesiony w połowie XVIII w. przez Felicjana z Targowisk Gałęzowskiego, kasztelana lubelskiego, a ukończył ją Stanisław Małachowski, starosta wąwolnicki.
Cmentarz z początku XIX w. znajdujący się przy kościele to „samoistne muzeum historyczne i regionalne zarazem”, jak pisała o nim Ewa Szelburg-Zarembina, która spoczęła tu obok innych znanych i zasłużonych. Ponadto cmentarz budzi zadumę, ale jest też inspiracją dla ludzi pióra – Stefan Żeromski w swoim opowiadaniu Zemsta jest moją uwiecznił legendę o spoczywającym tu dziedzicu Tytusie Rakowskim.
W 1938 r. Kościół Parafialny uznano za zabytkowy.