Fundatorem klasztoru w Józefowie był Andrzej Potocki – kasztelan krakowski i hetman polny koronny. W 1691 roku wzniesiono niewielki drewniany kościół i również drewniany budynek klasztorny. W 1729 roku pożar całkowicie zniszczył oba budynki. Odbudową obiektu zajął się syn poprzedniego fundatora – Jan Potocki. Barokową, w latach 1730-43 powstały obecne murowane zabudowania kościoła i klasztoru. Jednonawową świątynię uroczyście konsekrowano w 1743 roku. W nowym kościele znalazły poczesne miejsce 3 obrazy, uratowane z pogorzeli poprzedniej świątyni: Matki Boskiej, św. Antoniego i św. Franciszka. W ramach represji po powstaniu styczniowym w nastąpiła kasacja zakonu bernardynów. W 1944 r. w czasie działań II wojny światowej ponownie spłonął kościół i klasztor, a kolejna odbudowa nieco uratowała barokową szatę architektoniczną świątyni.